萨迦寺位于西藏自治区日喀则市萨迦县本波山下，是一座藏传佛教萨迦派寺院，也是萨迦派的主寺。
萨迦寺名中的“萨”藏语意为“土”，“迦”藏语意为“灰白色”，“萨迦”意即“灰白土”。因本波山腰有一片灰白色岩石，长年风化如土状而得名。萨迦寺分为南、北两寺，仲曲河横贯于两寺之间，北寺位于河北岸的本波山“灰白土”山岩下，南寺位于河南岸的平坝之上。
1073年（北宋熙宁六年），吐蕃贵族昆氏家族的后裔昆·贡却杰布（1034年－1102年）发现本波山南侧的山坡上，土呈白色，带有光泽，呈现瑞相，即出资兴建寺院，后来被称为“萨迦阔布”，但十分简陋，这便是萨迦北寺的前身。此后逐渐形成了萨迦派。萨迦寺采用象征文殊菩萨的红色，象征观音菩萨的白色，象征金刚手菩萨的青色涂抹寺墙，故萨迦派又俗称“花教”。
萨迦派采用血统传承和法统传承两种传承方式。贡却杰布圆寂之后，其子贡噶宁布（1092年－1158年）主持萨迦寺。贡噶宁布学识广博，使萨迦派教法趋于完备，故被尊称为 “萨钦”（萨迦大师），成为萨迦派初祖。贡噶宁布的次子索南孜摩为萨迦二祖。三子扎巴坚赞主持萨迦寺57年，为萨迦三祖。四子贝钦沃布的长子萨班贡噶坚赞（1182年－1251年），简称“萨班”，或“萨迦班智达”，为萨迦四祖。
萨迦寺全寺共有40多个建筑单元，规模宏伟。1073年（北宋熙宁六年），贡却杰布初建“萨迦阔布”，即萨迦北寺的前身，当时北寺规模很小，结构十分简陋。贡嘎宁布对萨迦北寺的修建作出重要贡献，创建了“拉章夏”作为修法之所，随后修建了“古绒” 建筑群，由护法神殿、塑像殿、藏书室组成。萨迦北寺的主要建筑“乌孜宁玛”大殿也是贡嘎宁布创建，经其子索南孜摩、扎巴坚赞等人扩建，后来又加金顶。
元朝时，在该大殿西侧又兴建了一座八根柱子的配殿，俗称“乌孜萨玛殿”。后来历代萨迦法王先后在山坡上扩建萨迦北寺，增建了不少建筑，形成了逶迤重叠的萨迦北寺建筑群。
14世纪以后，由于宗教活动中心逐渐转移至萨迦南寺，北寺不再有大规模建设。